Η επιλογή των εισακτέων στο Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών γίνεται από επιτροπή αξιολόγησης που απαρτίζεται από μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων, η οποία συγκροτείται με πρόταση της Συντονιστικής Επιτροπής και απόφαση της Γ.Σ. Ο πίνακας επιτυχόντων επικυρώνεται από την Γ.Σ. του Τμήματος. Η επιλογή των εισακτέων διενεργείται σύμφωνα με τις ακόλουθες διαδικασίες : Η Γραμματεία του Π.Μ.Σ σε συνεργασία με τη Γραμματεία του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων παραλαμβάνει τις αιτήσεις και τα απαραίτητα δικαιολογητικά που υποβάλλουν οι υποψήφιοι μεταπτυχιακοί φοιτητές τα οποία προβλέπονται από την προκήρυξη. Ελέγχει την εγκυρότητα και την πληρότητα των δικαιολογητικών κάθε υποψηφίου, συντάσσει πίνακα υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών και τον διαβιβάζει στην επιτροπή αξιολόγησης. Τα δικαιολογητικά που κατατίθενται από τους υποψήφιους πρέπει να είναι πλήρη και να έχουν υποβληθεί εμπρόθεσμα, όπως αυτά προβλέπονται στη σχετική προκήρυξη. Εκπρόθεσμες αιτήσεις δεν γίνονται δεκτές.
Η διαδικασία αξιολόγησης περιλαμβάνει δύο στάδια: Στο πρώτο αξιολογούνται οι αιτήσεις με βάση τα στοιχεία που εμπεριέχονται στο φάκελο υποψηφιότητας (προηγούμενες σπουδές, επιστημονική και επαγγελματική δραστηριότητα) και ειδικότερα α. βαθμός πτυχίου, β. επαγγελματική εμπειρία σε θέματα οργάνωσης, λειτουργίας, ανάπτυξης & διοίκησης λιμένων, γ. δημοσιεύσεις ή επιστημονικές εργασίες. Κατά το δεύτερο στάδιο της διαδικασίας, οι υποψήφιοι καλούνται σε συνέντευξη ενώπιον της επιτροπής αξιολόγησης.
Στόχος είναι να διαπιστωθεί ποιοι υποψήφιοι είναι ικανοί να ανταποκριθούν ουσιαστικά στις απαιτήσεις του Π.Μ.Σ, συνεκτιμώντας το κίνητρο και το ενδιαφέρον αλλά και τη συνολικότερη συγκρότηση και επιστημονική τους επάρκεια. Με την ολοκλήρωση των διαδικασιών αξιολόγησης η αρμόδια επιτροπή συντάσσει τον πίνακα επιτυχόντων και επιλαχόντων κατά σειρά κατάταξης, σύμφωνα με τα κριτήρια επιλογής και τους συντελεστές βαρύτητας ανά κριτήριο. Ως επιτυχόντες θεωρούνται οι υποψήφιοι οι οποίοι έλαβαν βαθμολογική θέση στη σειρά κατάταξης μέχρι του ανώτατου ορίου εισαγωγής φοιτητών.
Η επιτροπή αξιολόγησης μπορεί να θεωρήσει επιτυχόντες και όσους από τους υποψήφιους ισοβάθμησαν με τον τελευταίο επιτυχόντα. Ως επιλαχόντες θεωρούνται οι υποψήφιοι οι οποίοι έλαβαν βαθμολογική θέση στη σειρά κατάταξης πέραν του ανώτατου ορίου εισαγωγής φοιτητών, έχοντας δικαίωμα εγγραφής στην περίπτωση που οι πρωθύστεροι στην κατάταξη δεν εγγράφονται εμπρόθεσμα.